医院感染的发生，除与机体本身因素有关以外，还有环境和社会方面的原因。
（一）由交叉感染引起的医院感染
1.病人入院时正处于某种传染病的潜伏期，入院后发病，此时病人就是该病的传染来源。与其同室居住的病人，就有被传染发病的可能，尤以呼吸道传染病为甚。如胃溃疡病人入院时正处于流行性感冒的潜伏期，入院后发病，则同室病人即可感染流感。
2.不同传染病，收容在同一病区，如果消毒、隔离不严，则易发生交叉感染。
3.虽然一病室收容同一种传染病病人，但如果感染的病原体型别不同，也会发生交叉感染，如病毒性肝炎、细菌性痢疾等。
4.入院时诊断错误，如把一种传染病误诊为另一种传染病，也会发生交叉感染。如把猩红热病人误诊为麻疹，而入麻疹病房；把传染病误诊为非传染病，均可造成院内感染。
5.住院病人或医院工作人员是病原携带者，患某种疾病的人，同时又是另一种疾病的病原携带者，如癌症病人携带肺炎克雷伯杆菌，可引起肿瘤病房内肺炎爆发。此类感染难以查明，因为很少对住院人做系统的带菌检查。医院工作人员若为结核、痢疾的病原体携带者，可引起住院病人感染、甚而爆发。
（二）条件致病菌感染
许多条件致病菌，如大肠杆菌、变形杆菌等，由于病人抵抗力降低，而造成自身感染。
（三）不合理使用抗生素及抗菌化学药物
近年来国内外医院应用抗生素品种繁多，数量大，导致抗药菌株增加，使用不合理的现象屡见不鲜，而造成院内感染。
1.无明显指征用药 病人患一般伤风感冒，却使用抗生素治疗。外科病房不经任何化验证明，常使用抗生素预防。
2.广谱抗生素局部应用，容易产生抗药菌株。
3.用药配伍不当 如对病人使用抑菌剂红霉素或氯霉素的同时又使青霉素治疗。红霉素及氯霉素的抗菌机制主要是抑制细菌蛋白质的合成而抑制细菌的生长繁殖。青霉素为杀菌药物，其杀菌机制是干扰细菌细胞壁的合成，导致细胞破裂而死亡，故对繁殖旺盛期的细菌作用强，对静止期细菌作用弱。被红霉素或氯霉素抑制而处于静止期的细菌，对青霉素将产生耐药性。
4.利用抗生素进行“心理”治疗或作试验诊断性应用。
抗生素的使用与耐药性细菌的产生有明显的平行关系。应用某种抗生素的地方，就会出现对同样抗生素有耐药性的细菌。
抗生素对机体影响也很明显。有些直接伤害防御机制，最显著的是粒细胞减少及骨髓再生障碍，其次抑制抗体产生和淋巴细胞转化等。有些间接导致代谢及免疫状态变化，如肝、肾、肠等器官机能障碍。有的影响正常菌群的生态平衡，从而降低机体抵抗力。
总之，由于不合理使用抗生素而导致病人抵抗力降低，抗药菌株增加，从而使医院感染增多。
（四）医院管理不当
1.探视制度不严 对探视者不加管理，随意出入病房，可由探视者带入污染食物、物品等而引起医院感染。
2.医院内隔离、消毒制度执行不严格 如医疗器械消毒不彻底；医护人员接触污染物后不洗手消毒而又去处理其他病人；食品、食具被污染未处理等都容易发生医院感染。