医院内获得肺炎多为革兰阴性杆菌所引起，包括肺炎杆菌、绿脓杆菌、流感嗜血杆菌、大肠杆菌等，均为需氧菌，在机体免疫力减损时易于发病。住院病人使用机械呼吸、湿化器、雾化器和各种导管亦可招致细菌感染。此外，肺外感染灶可因形成菌血症而将致病菌传播到肺部。
肺部革兰阴性杆菌感染的共同点在于肺实变或病变融合，组织坏死后容易形成多发性脓肿，一般双侧肺下叶多受累；若波及胸膜，则可引起胸膜渗液或脓胸。
从痰或血中培养出致病菌才能作病原学确诊。痰液采集后须在10min内接种培养，多次培养出同一种细菌，或作痰定量培养则临床诊断意义更大。为了避免口腔常存菌的污染，可用塑料导管环甲膜从气管内吸痰，或用纤支镜从下呼吸道吸痰通过防污染毛刷取样作细菌培养。血清抗体测定有助于诊断。绿脓杆菌肺炎时血清绿脓杆菌凝集试验可阳性。治疗革兰阴性杆菌肺炎之前应作细菌的敏感试验，以便选用有效药物。院内感染的重症肺炎患者在未明确致病菌之前，可试用氨基甙类抗生素加半合成青霉素或头孢菌素（院外感染病例可先试用青霉素G或氨苄西林，因革兰阳性球菌感染的机会较多）。
绿脓杆菌肺炎病死率高达80％，适当联合使用抗生素可使之降至50％。一般用半合成青霉素加氨基甙类抗生素。羧苄西林（carbenicllin）每日20－30g静滴、磺苄西林（sulbenicillin）或呋苄西林（furbenicillin）每日8－12g静滴，替卡西林（ticarcillin）每日10－18g静滴。与一种氨基甙类抗生素（庆大霉素每日16－24万单位、或妥布霉素每日240－320mg）并用效果甚好。对妥布霉素耐药者，可改用丁胺卡那霉素（amikacin）每日0.2-0.4g，分2次注，若耐药，其他半合成青霉素也可选用，如哌拉西林(piperacillin)每日8－12g静滴，以及苯咪唑组青霉素（mezlocillin）等。这些新青霉素对许多产生β-内酰胺酶的革兰阴性杆菌有效。新青霉素与氨基甙抗生素合用可减少耐药性的产生。第三代头孢菌素如头孢哌酮（cefiperazone）、头孢他啶（ceftazidime）对绿膿杆菌有效，可与氨苦类抗生素联用。
治疗流感嗜血杆菌肺炎，首选氨苄西林（每日4－6g，分次静滴）；但鉴于对此药耐药菌株日渐增多，故宜先与氯霉素（每日1～2g）联用，待检查证明细菌不产生β-内酰胺酶时，就单用氨苄西林（每日12g静滴）。红霉素与氨基甙类抗生素与上述药物联用亦有协同作用。当感染严重，且细菌对以上两种药物均已耐药时，可选用第三代头孢菌素，如头孢呋辛、头孢塞肟（cefotaxime），或拉氧头孢（moxalactam）。
治疗肠杆菌科细菌肺炎（如大肠杆菌、产气杆菌、阴沟杆菌等引起）时，亦应参考其药敏试验选用药物。一般采用氨苄西林（每日8－12g）、羧苄西林（每日8－12g），并与一种氨基甙类抗生素合用。也可联用氯霉素和链霉素。必要时用头孢唑林、头孢羟唑、或头孢噻肟。环丙沙星对肠杆菌也有较强抗菌作用。
在治疗革兰阴性杆菌肺炎时，宜大剂量、长疗程、联合用药，静脉滴注为主，雾化吸入治疗为辅；使用氨基甙类抗生素时，要注意对肾功能的损害，还要加强病人的营养，充分给水分和痰液引流。