扶正指采用如益气、养血、滋阴、助阳等种种有助于扶持、补益正气的治疗方法；祛邪指采用如发表、攻下、渗湿、利水、消导、化瘀等种种有助于祛除、消灭病邪的治疗方法。
疾病的过程，在某种意义上可以说是正气与邪气相争的过程，邪胜于正则病进，正胜于则病退。治疗上扶持正气有助于抗御、祛除病邪，而祛除病邪有助于保存正气和正气的恢复。因此，扶正祛邪的治疗原则旨在改变邪正双方力量的对比，使之有利于疾病向痊愈转化。在一般情况下，扶正适用于正虚邪不盛的病证，而祛邪适用于邪实而正虚不甚的病证。
扶正祛邪同时并举，适用于正虚邪实的病证，但具体应用时，也应分清以正虚为主，还是以邪实为主，以正虚较急重者，应以扶正为主，兼顾祛邪；以邪实较急重者，则以祛邪为主，兼顾扶正。若正虚邪实以正虚为主，正气过于虚弱不耐攻伐，倘兼以祛邪反而更伤其正，则应先扶正后祛邪：若邪实而不甚虚，或虽邪实正虚，倘兼以扶正反会助邪，则应先祛邪后扶正。总之，应以扶正不留邪，祛邪不伤正为原则。