1、病因学、症状学、治疗学的充实和发展魏晋以还，内科疾病的病因学有较大发展，许多疾病的病因得到充实。如隋代巢元方《诸病源候论》对不少疾病的病因观察与认识已经比较深入，其对“寸白虫候”（绦虫病）的感染途径是饮食不当，食生猪牛肉片；瘿病（甲状腺肿大）的发生与水土和情志有关；消渴病者“必数食甘美而多肥”的论述已得到今天的证实。葛洪着《肘后备急方》对尸注（结核病）、癞（麻风病）、沙虱（恙虫病）等传染病的发病也有较深刻的认识。南宋陈无择《三因极一病证方论》在病因上首分内因、外因、不内外因三类。；金元时期对中风的病因认识已从既往的“内虚邪中”发展为以“内风”立论。
在症状学方面，《诸病源候论》论及的病候已达784条，对许多疾病的症状学特征描述得详细、准确，如《诸病源候论·淋病诸候》指出“石淋者，淋而出石也”，“膏淋者，淋而有肥，状似膏”，对淋证病症状学的描述与现在的观察基本一致。唐代孙思邈的《千金要方》对消渴病易发疮痈有所认识。王焘的《外台秘要·消中消渴肾消》还认识到消渴病“每发即小便至甜”的证候特征。这一时期，对伤寒、疟疾、肺痨等传染病都在症状学上有详细的论述，对中风、痹病、心痛、虚劳、脚气、水肿等内科疾病的辨证水平均有较大的提高。
在治疗学方面，有些病证的治疗在当时已很先进，如晋，《肘后方》用青蒿治疗疟疾，用海藻、昆布治疗瘿病。唐·《千金要方》和《外台秘要》使内科的治疗更加丰富多采。如《千金要方》肯定了《神农本草经》用常山、蜀漆治疗疟疾，肯定了《金匮要略》用白头翁治疗痢疾，并用苦参治疗痢疾，用槟榔治疗寸白虫病，用谷皮煎汤煮粥治疗脚气病等，极大地提高了这些疾病的临床治疗效果。宋·《太平圣惠方》《圣济总录》收集整理了大量治疗内科疾病的方药，反映了当时的研究水平和成就。这一时期还出现了一些内科病的专题论著，如《脚气治法总要》《十药神书》等，极大地提高了相关专病的辨证论治水平。
2、学术理论的创新金元时期，涌现出不同学术流派，如刘完素倡“六气皆从火化”的火热病机学说，治疗主用寒凉；张从正认为疾病皆“邪气加诸身”，倡用汗吐下三法攻邪治病；李东垣倡“内伤脾胃，百病由生”学说，治疗多用补脾升阳法；朱丹溪力倡“阳常有余，阴常不足”学说，治病主用滋阴降火。学术的争鸣，促进了内科学术理论的创新和发展。