一、医事制度
（一）医官制度
三国时期，魏承汉代医官制度，有太医令、丞、尚药监、药长寺人监、灵芝园监等官职。《太平御览》引《玉匮针经序》中有吴置太医令的记载，蜀汉医制无考。
晋代承袭汉魏官制，设有太医令等职。据记载：晋代太医令铜印墨绶，统属于宗正，又有尚药监、药长寺人监。东晋时，省宗正合并于太常，原隶属于宗正的太医官属，后改隶于门下省。门下众事为为侍中所掌，这是后代以太医令隶于侍中的开始。
南朝医官，刘宋有“太医令一人，丞一人，隶侍中”。齐有“太医令一人，丞一人，属起部亦属领军”。《资治通鉴》记载齐有御师。梁有太医令一人，丞二人，属门下省。又有太子官属的药藏局设置药藏丞。诸王国官属，有典医丞。郡县属吏亦有医职。《北史·姚僧垣传》载又有太医正之设。《册府元龟》记载梁以后，尚药职事由太医兼任，陈如梁制。
北朝医官，北魏有太医令等职，属太常。门下省设有尚药局，有侍御师。《魏书·官氏志》记有太医博士（七品下）和太医助教（九品中）之设。北齐有太医署，设太医令、丞等职，属太常。太子门下坊设有药藏局，置监、丞各二人，侍医四人。皇子王国各置典医丞二人。中侍中省设有中尚药典御二人，丞二人；门下省置尚药局，设典御二人，丞二人，侍御师四人，尚药监四人，尚书省、门下省和中书省内均设有医师。北周有太医下大夫、小医下大夫、小医上士、疡医上士、疡医中士、疡医下士、医正上士、医正中士、医正下士、食医下士、主药下士，均属于天官。鲁医上士、兽医中士、兽医下士，均属于夏官，其官品高者为正四命，低者为正一命。
由上述可知：此时期中央医官机构较前更为细密，特别是北周，不仅已细分为太医、兽医等七类，各类又再分阶，形成了自上而下的等级系统。这对医绩的考核管理和促进业务水平的提高，都是有利的。至于地方医政，除梁有“郡县属吏亦有医职”之记载外，其他不知其详。
（二）官颁医书
南北朝时的官颁医书，有刘宋时《宋建平王典术》120卷，北魏时李修《药方》110卷，王显《药方》35卷，均为临床方书，反映出当时临证医学的进步。
官颁医书多由当时帝王御医主持，组织众多医家集体编撰，卷帙甚巨，且备颁行之便，对医术的总结提高和推广具有积极意义。李修《药方》成书于北魏太和年间（公元477～499年）“高祖文明太后时有不豫，修侍针药，治多有效，赏赐累加，车服第宅，号为鲜丽，集诸学士及工书者百余人，在东宫撰诸《药方》百余卷，皆行于世。”（魏收：《魏书·李修传》，卷九十一，十页，上海集成图书公司1908年据乾隆四年本重印）
王显《药方》编撰于六世纪初。《魏书·王显传》记载：“世宗（即武帝）诏显，撰《药方》三十五卷，班布天下，以疗诸疾”；（隋书·经籍志》著录本书时谓：“后齐李思祖撰本一百十卷”称李修（字思祖）为后齐人，有误），魏武帝永平三年（公元510年）诏书中称：“又经方浩博，流传处广，应病投药、卒难穷究。更令有司，集诸医工，寻篇推简，务在精要，取三十余卷，以班九服，郡县备写，布下乡邑，使和救患之术耳。”（魏收：《魏书·王显传》卷九十一，十一页，上海集成图书公司1908年据乾隆四年本重印），这两项记载，时问和撰修卷数等均甚一致，应为一回事，王显《药方》为当时流传经方之精要，通过行政渠道备布郡县、乡邑，对促进临床医学的发展和人民疾患的防治甚有裨益。
南朝刘宋时所撰《宋建平王典术》，梁时尚存，计120卷。（魏收：《魏书·世宗纪》卷八，上海集成图书公司1908年据乾隆四年本重印），但修撰情况失载，刘宋建平王宏（字体度·公元434～458年）病逝时仅“年二十五”，（长孙无忌等：《隋书·经籍志三》，卷三十四，十四页，上海集成图书公司1908年据乾隆四年本重印），推测该书可能为“笃好文籍”（沈约《宋书·王宏传》卷七十二，二页至三页，上海集成图书公司1908年据乾隆四年本重印）的王宏主持下集体撰修，才可能完成这部120卷的大型方书的篇撰。
二、医学教育
（一）师徒传授和家世相传
师徒传授和家世相传，历来是中医学术教育的传统方式。三国时名医吴普、樊阿、李当之等是著名医学家华佗的弟子。
家世相传，最有名者莫过于南北时期东海徐氏。徐氏世守医业，代代有名。其可考传授世系略为：
之才
／
道度——文伯 ——雄——之范
／ ＼
徐熙 謇（成伯）
＼
叔响——嗣伯
徐之才曾总结家传效方，撰为《徐王八世家传效方》10卷（按：北齐曾封徐之才为西阳郡王，故称徐王）。（李百药：《北齐书·徐之才传》，卷三十三，上海集成图书公司1908年据乾隆四年本重印），再如名医姚僧垣，其父菩提即精医闻名。僧垣年二十四即袭其业术，后成为南北朝时“远闻服，至于诸番外域”（令狐德：《周书·姚僧垣传》，卷四十七，上海集成图书公司1908年据乾隆四年本重印）的著名医家。僧垣之子姚最后也成为能医。
（二）官办医学教育的产生
师徒传授和家世相传的医学教育方式，都是个别传授方式，造就医学人才的数量和技师远不能适应实际需要。随着医药学的发展与进步，此时期开始出现由政府举办的医学教育机构。
《唐六典》卷十四注记载：“晋代以上，手医子弟代习者，令助教部教之。宋元嘉二十年，太医令秦承祖奏置医学，以广教授。至三十年省。”这说明早在晋代已有医官教习之设，刘宋元嘉二十年（公元443年）奏置医学教育一事，则是政府创办医学教育最早的明确记载。北魏太和元年（公元477年）九月，孝文帝“诏群臣定律令于太华殿”（郑樵：《通志·后魏孝文帝纪》，光绪二十八年（1902年）上海鸿宝书局石印本），北魏设“太医博士”、“太医助教”（魏收：《魏书·官氏志》，上海集成图书公司1908年据乾隆四年本重印）之制，可能就在此时。从此，政府举办医学教育开始形成制度，为隋唐时代医学教育高度发展奠立了基础。
三、卫生保健
这一时期，个人卫生、饮食卫生、环境卫生以及防病措施都有一定成就，养生保健则有明显的进步。
沐浴是我国人民早已存在的传统习俗，是个人卫生的主要措施之一。自佛教传入中国之后更为普遍。洗浴是佛事前必须做的，因而寺院一般建有“温室”（浴室）。早在东汉安世高就译有《温室洗浴众僧经》，后来译入的佛经中也有这方面的记载。如后秦时译入的《十诵律》载，“外国浴室，形圆犹如圆仓，开户通烟，下作伏渎，外出内施，三擎阁齐人所及处，……，满三重阁，火气上升，上阁水热，中阁水暖，下阁水冷，随宜自取用，无别作汤，故云：“净水”耳。“在《阿含经》、《僧祗律》等书中还劝说世人多造温室。《洛阳伽蓝记》卷四载，北魏时隐士赵逸领宝光寺僧人掘得晋代浴室遗址，建于东汉的陕西扶风法门寺也建有浴室，而且还对外开放。如《法门寺浴室院暴雨冲注唯浴室镬器独不漂没灵异记》碑文载：“寺之东南隅有浴室院……淄侣云集，凡圣混同，日浴于数。”（陈景富：《法门寺》，三秦出版社，1988年，P184），今遗址尚存。在佛教影响下，首先是信佛的帝王为了虔诚事佛，修建浴室，有的非常豪华。如《邺中记》载：“石虎（295～349）金华殿后有虎皇后浴室三间，徘徊及宇，栌?q隐起，彤采刻镂，雕文餐丽”，其浴室“上作石室，引外沟水注入室中，临池上有石床”。又王子年《拾遗记》载：“石虎于太极殿前，又为四时浴室。用瑜石，???c为堤岸，或以琥珀为柄杓，夏则引渠水以为池。池中皆以纱为囊，盛百杂香于水中。严冰之时，作铜屈龙数十枚，各重数十斤，烧如火色，投于水中，则池水恒温，各曰‘?髁?温池’。引凤文锦步障，萦蔽浴所……浴罢，泄水于宫外。”这里描述了与沐浴有关的过滤水、换水、温水器具、香药等，比前代有显著的进步。《南齐书》载有《沐浴经》三卷，说明当时对沐浴的重视。
关于饮食卫生，晋代傅玄提出“病从口入”（《拟金人铭作口铭》，见《太平御览》卷367），认为饮食不慎可致疾病，这句话遂成为流传千载的卫生谚语。晋代还发明了用于沸水蒸煮消毒的器具。江西省瑞昌晋墓中出土的“双耳镂孔器”，据说是一种蒸煮器，即将耳杯置于双耳镂孔器中沉于沸水之中消毒清浴的器具，当提起双耳时，水便通过底部三孔全部流尽，用它清洁杯勺，既方便又卫生，能除去杯勺的油污，还能杀灭细菌。（张翊华：一千七百年前的消毒用具，文物天地，1989（2）：48）
在环境卫生方面，南朝继承前人优良传统，重视清扫街道。如《南齐书·王敬则传》载：罚令盗贼充任清洁工，“长扫街路”，过些时日，乃令“旧偷自代”。又梁代遂安县令“刘澄为性弥洁，在县，扫拂郭邑。路无横草，水剪虫秽”（《南史·何佟之传》）。晋人的经验总结认为：“土干则生蚤，地湿则生蚊”（张华《博物志》）这也许是人们注意勤扫蓄圈，以及采用药杀虫蛆的理论依据。贾思勰《齐民要术》记载：“圈（畜）中作台开窦，勿令停水，二日一除，勿令粪秽”，无疑这种卫生措施是基于上述理论认识的，从而有助于改善环境卫生，对于人、畜的主存均有积极意义《周书秘奥营造宅经》记载：“厕所蛆，以莼菜一把，投入厕所缸中，（蛆）即无”。同书还指出：“沟渠通浚，屋宇洁净，无秽气，不生瘟疫病。”可见当时人们已经深知环境卫生对预防疾病的重要意义。
四、养生学的发展
这一时期，著名养生家华佗、嵇廉、葛洪、张湛、陶弘景等的养生实践和理论总结，促进养生学较快地发展。
嵇康（223～262），字叔夜，谯国?（今安徽宿县西南）人。“竹林七贤”之一，常修养性服食之道，著《养生篇》三卷，已佚。传世《嵇康集》辑本中有《养生论》、《答难养主论》、《答难宅无吉凶摄生论》等篇专论养生，其养生主旨为“清虚静泰，少私寡欲”，这是嵇氏清谈“玄学”思想在养生方面的反映。
葛洪在《抱朴子·内篇》中总结了前人养生经验和方法，指出养生应在无病、年轻之时就开始，并提出“养生以不伤本”的观点，不伤即养，具体提出近30个“不”，如“冬不欲极温，夏不欲穷凉”、“不欲极讥而食，食不过饱”、“不欲多睡”、“目不久视”等，涉及四时寒热、饮食宜忌、坐卧行逸等方面，目的在于告诫人们在日常生活中注意预防，以不伤人体正气为养生根本出发点，所谓“养其气所以全其身”。书中还谈到龙导、虎引等导引术以及“坚齿”、“明目”、“聪耳”、“胎息”等功法，其中“胎息”、“坚齿”的论述在气功史上尚属首次，对后世影响很大。
张湛，东晋高平（邵治在山东金乡西北）人，清谈玄学家。著有《养生要集》10卷、《延年秘录》12卷，均佚。《医心方》、《太平御览》有其佚文。他提出著名的“养生十要”：“一曰啬神，二曰爱气，三曰养形，四曰导引，五曰言语，六曰饮食，七曰房室，八曰反俗，九曰医药，十曰禁忌。”在《养性延命录》、《千金要方》等后世著作中都有载录，备受推崇。
陶弘景自幼仰慕葛洪，有学道养生之志。他收集了前代如彭祖、张湛、胡昭、封君达等养生家的语录，等养生论述，结合自己的体会，编辑而成《养性延命录》2卷，包括饮食起居、精神摄养、服气疗病、导引按摩、药物补益等内容，认为人之寿夭不在天，善养生者长寿，指出“养生之法，但莫伤之”，切忌劳逸、饮食、房室等过度。另著《真诰》，亦有药物、导引、按摩等养生法，其中“协昌期”篇介绍摩面、拭目、挽项、叩齿、咽津、栉发等头面按摩术，简便易行，一直为后世养生家所继承、沿用。
这一时期出现的道教上清派经典《黄庭经》（包括《上清黄庭外景经》和上清黄庭内景经），以七言歌诀论述养生修炼的原理，是道教养生流派的重要著作。《外景经》主张“扶养性命守虚无。恬淡无为何思虑”，《内景经》则介绍了守神存思等静功方法，其中宗教与科学相掺杂，这也可以说是道教养生的一个特点，此书颇受后世道家养生者的推崇。