中国古代医学理论体系的形成，经历了由萌芽到成熟，由简单到复杂、由纷乱到统一的历史过程。中医学在春秋时期已产生了一些概念和简单的理论认识，而到《内经》时代则形成了比较系统的理论。中医理论的形成，不仅是以春秋战国时医家们的实践经验为基础的，当时的自然哲学也发挥了相当重要的作用。
一、脏象学说
脏象学说是关于人体脏腑形态功能及其与人体其它组织器官相互关系的中医生理学说。
脏腑的形态与名称：《内经》之前和各种现存的和出土的医学和非医学文献，尚无系统论述人体脏腑的形态结构者，不过到春秋时期，对脏腑的认识有了显著的进步。《史记·扁鹊仓公列传》所载扁鹊和虢中庶子的对话中已明确提到了“脏”、“五脏”的概念。并有“胃肠”、“三焦”、“膀胱”等名称，表明公元前6～5世纪人们对脏腑的认识已有所进步,同时“五脏”概念的提出也表明当时医家已经注意到了五脏在形态结构上的特征。《灵枢·经水》:“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。其脏之坚脆、腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊，气之多少……皆有大数。”《灵枢·肠胃》对人体消化道的各个部分，包括唇、口、舌、咽、胃、回肠（即小肠）、广肠（即大肠）的位置、长度、广度、重量、形状、递接关系等一一具体描述，这无疑是当时实际解剖观测结果的记录；若以所述大小肠长度与食管长度的比例为35∶1，而现代解剖测为37∶1为例，说明当时的解剖观测是有一定依据的，已达到了一定的水平。《内经》对其它脏器形态结构位置的有关描述，无疑都是解剖观测的结果。尸体解剖的实施为脏象学说的形成奠定了基础。
《素问·五脏别论》：根据人体内脏的形态结构及其功能特点将它们区分为三类：五脏——肝、心、脾、肺、肾；六腑一胆、胃、小肠、胃、大肠、膀胱、三焦；奇恒之腑——脑、髓、骨、脉、胆、女子胞。由于其概念明晰，很快为医界接受，并为后世所遵从。
关于五脏与躯体组织器官的关系：如《管子·水地》云：“脾生膈，肺生骨，肾生脑，肝生革，心生肉……脾发于鼻，肝发于目，肾发为耳，肺发为窍。”《文子·十守》则云：“肝主目，肾主耳，脾主舌，肺主鼻，胆主口。”说明战国时期对五脏与驱体组织器官关系的认识尚处于多说并存阶段。由于《内经》本身的理论比较系统，故逐渐统一起来。
《内经》还提出了脏腑相关的理论。它认为五脏六腑虽各有功能，但总体上却是相互关联着的，其一是认为五脏与六腑之间的表里阴阳相合，如：“肺合大肠”，“心合小肠”，“肝合胆”，“脾合胃”，“肾合三焦膀胱”，其二是认为五脏之间有相生相克的关系。
二、气血精津液学说
气血精津液学说是关于人体生命物质的产主、分布、形态、运行及其机能等的中医生理学说。这一学说发端于春秋，形成于战国。集中地体现在《内经》一书中。
《内经》把人体内的一切精微物质统称为“气”。进而又把“气”区分为性质各异的六种。分别称之为“精”（狭义）、“津”、“液”"、“血”、“脉”。据《内经》有关内容可知：狭义的“精”是指主殖之精，即肾精：《内经》认为肾精是由五脏六腑之精气汇集而成，当人发育到一定的阶段，肾精满溢，两性交合，便可妊育新生命，故精是生成新的生命体的基始物质，所谓“人始生，先成精。”（《灵枢经·经脉》卷三）。狭义的“气”是指由上焦宣发出来，呈雾露状的、对人体有充养作用的水谷精微物质。《内经》认为，“气”在人体中是无休止的运行着。《灵枢·脉度》所云：“气之不得无行也，如水之流……其流溢之气，内溉脏腑，外濡腠理。”（《灵枢经》卷四）。气的流行不已，才能对身体各组织器官发挥滋润濡养作用。
《内经》确立了气血精津液学说的基本理论，一直为后世医家所遵循。
三、经络学说
经络学说是关于人体经络的循行分布规律及其功能的中医生理学说。经络学说的基本理论在《内经》中有较系统而全面的论述，这表明经络学说是在从春秋到战国的较长时期内逐步完善起来的。
1、经络学说的逐步完善
经和络分别指经脉和络脉，“脉”、“经”、“络”的名称在春秋时已经出现。据《史记·扁鹊仓公列传》所载，扁鹊已经提到“脉”、“血脉”、“阴脉”、“阳脉”、“经”、“络”等名称，这表明当时“脉”已为医家们所注意，而且他们对脉的性状已有一定的研究，并认识到血与脉的联系。
从长沙马王堆汉墓出上的帛书《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》可以看出，最迟春秋战国之际，我国医家已经大致认识了人体经络系统中的十一对正经在体表的主要循行路线，并据其主要循行部位结合三阴三阳为其一一命名，它对经脉的描述虽然还十分简单，但它们却在认识人体经络系统的道路上跨出了重要的一步，确立了经络学说的雏型。
经脉是经络系统中的主干，正经又是其中的主体，因而对正经的认识也就成为经络学说的重点。从《足臂十一脉灸经》（以下简称《足臂》）到《阴阳十一脉灸经》（以下简称《阴阳》）再到《灵枢·经脉》篇（以下简称《经脉》），展示了春秋战国时期医家对人体正经的认识及其发展过程。
总之，在《内经》中，形成了经络学说的基本理论。后世除在对奇经八脉的认识方面较之《内经》有所发展外，基本上都是遵循《内经》的定论，可以说中国古代经络学说在《内经》时代已基本完善。
2、关于经脉系统发现过程的讨论
经脉系统当初是如何被发现的？这是中国医史研究至今争论未决的难题。有人认为，经脉是由于古人在长期的生产生活及医疗活动中逐步发现人体有许多通过一定的刺激，如压、按、刺、灸等可以治疗病症的点（即穴位），进而发现许多有相同或相近治疗作用的点基本分布在一条线上，这一条条有相同治疗作用的点的分布线就是经脉。有人则认为，经脉是通过“感传”现象而发现的，即古人在偶然发现肢体某些部位受刺激后会产生胀、麻或似“气行”等感觉沿着一定路线传导的现象时，这一条条相对固定的感传路线就被认为是经脉。还有人认为，经脉当初就是指血管，经脉的循行和分布是古人在可见（包括解剖）的血管循行分布路线的基础上推想出来的。另外还有人认为，经脉是通过练气功而发现的，当气功练到一定的程度时便会体会到身体中有气沿着一定的路线移行，这种气行路线便是经脉。
我们认为，第一和第四种观点不能成立。按照第一种观点，应该是首先发现了很多穴位及其治疗作用，才会有对“经脉”的认识，然而，历史实事相反，已知最早的论述经脉的医书《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》中只有经脉循行部位的叙述，而没有穴位记载，其灸法治病也只提“灸某某脉”而不说“灸某某穴”，足见“经源于穴”的说法是不能成立的。第四种观点是在近几年的“气功热”中产生的，它没有充分的证据能证明先秦时期已有能使人体验到自身气行的气功，先秦文献从未提到练气功与经络的关系；同时，气功师所感受到的“气行”是循环连贯的（所谓“小周天”与“大周天”），而两部《十一脉灸经》所记述的经脉循行却未构成循环连贯的路线；《内经》所描述的十二正经及其分支和经别、奇经八脉、十五大络等循行路线也绝非练气功所能自我体验到的。
经脉系统的发现当与“循经感传”和血管有关。从《内经》对“脉”的论述可知，“脉”本来即指血管。
既然“脉”（经络）原指血管，那么“经络”的发现自然也就与血管的发现有关；体表观察、触摸和解剖观测就是发现“经络”的基本途径。
但是经脉系统的循行分布与现代解剖学所发现的人体血管系统大部分并不相符，因而经脉系统不可能是完全通过观测血管而发现，经络系统也不等同于血管系统，“经络”还包括了血管以外的人体组织或物质。经络有“感传”的特性，根据报道，循经感传现象的出现率在20%左右，而且与古代经络的循行路线基本相同。因此大部分经脉行路线可能是通过循经感传现象而发现的。
至于经脉与脏腑之联系的确定，一方面是在针（砭）灸临床实践中发现针灸某经脉能治疗某脏腑的疾病，由此推论经脉与此脏腑有联系；另一方面则是运用阴阳五行学说等自然哲学理论对脏腑经脉关系所作的理论上的推演。
四、病因病机学说
病因病机学说是关于人体疾病产生的原因和疾病发生、变化机理的学说。中医学的病因病机学说在春秋时已露端倪，而到战国时则形成较为系统的理论。
1、病因学说
据《左传·昭公元年》记载，春秋时秦国著名医生医和为晋侯治病提出：阴、阳、风、雨、晦、明等六种天气现象的太过会导致人体发生疾病。医和的“六气”病因论开创了中医外感病因学说的先河，是后世“六淫”病因论之滥觞。
《五十二病方》中有一些关于病因的记载。例如，该书认为外伤所引起的“痉”证是由于“风入伤”（马王堆汉墓帛书整理小组《五十二病方》，36、40页，文物出版社，1979年）引起的；“婴儿索痉”是因“产时居湿地久”（马王堆汉墓帛书整理小组《五十二病方》，36、40页，文物出版社，1979年）即感染湿邪所致。此外，《五十二病方》所提到的病因尚有犬或狂犬咬伤、毒蛇和其它毒虫咬伤、植物中毒、寄生虫等等。
到战国时期，人们对病因认识更为拓宽和加深，已从天气现象、个人生活环境、饮食劳作、生活习惯、精神情志、社会环境等多角度探索病因，由此形成了更为科学的病因学说。这种病因学说在战国诸子著作中也多有涉及。例如《韩非子·杨权》云：“夫香美脆味，厚酒肥肉，甘口而疾形” 。（《韩非子》卷二，1123页，《二十二子》本）。
《内经》对病因有更全面更深入的论述。《灵枢·顺气一日分为四时》云：“夫百病之所生者，必起于燥湿，寒暑、风雨、阴阳、喜怒、饮食、居处。”（《灵枢经》卷七，71页，商务印书馆。）。概括了《内经》病因的主要内容，也就是说，《内经》所论述的病因内容主要有天气因素（风、寒、暑、湿、燥、火）、情志因素（怒、喜、忧、思、悲、恐、惊）和饮食起居（饮食、劳逸、房事、起居等）三大方面，对于各种病因的致病特点，《内经》都作了不同程度的论述。
2、病机理论
病机理论的出现可以上溯到春秋时期。《史记·扁鹊仓公列传》所载虢中庶子及扁鹊关于虢太子之病病机的论述，涉及到正邪斗争及脏腑经络气血阴阳的失调。表明对病机的认识已上升到理论高度，病机学说已具雏型。《史记》同一篇还记载有扁鹊论齐恒侯之病每隔五日依次“在腠理”、“在血脉”、“在肠胃”、“在骨髓”。这是最早的疾病传变论述。
到战国时期，形成了比较丰富而系统的关于疾病发生、病理变化及其传变过程的病机学说。这一学说在《内经》中有集中的论述。关于疾病的发生，《内经》认识到是体虚与外邪共同作用的结果，邪气单方面并不一定致病，所谓“风雨寒热不得虚，邪不能独伤人”（《灵枢经·百病始生》卷十）；“邪之所凑，其气必虚”（《黄帝内经素问·评热病论》卷九。《内经》还认识到，疾病的发生与人的体质有关，不同体质类型的人，其所易患疾病是不一样的，例如，《灵枢·阴阳二十五人》还将人的体质按五行分为五大类二十五小类，并指出了各种类型的人所易患之病及其发病时间。
生活环境与人的体质及其疾病之间的联系在战国时也已被注意到。《素问·异法方宜论》对东、南、西、北、中五方的地理环境及其人们的饮食生活习性与各方人们的体质及其易生之病之间的关系进行了具体的分析和论述。
《内经》还注意到了社会因素与发病的关系。
重视疾病的发生与四时更替、月相盈亏等天时的关系，认为人与天地相应，不仅人之生理机能随天时而变化，而且疾病的发生和变化也受其影响。
关于人体在病邪作用下发病后的病机，《内经》也作了大量的论述，构成这一时期病机认识的主体内容。《内经》对病机的认识不仅涉及人体疾病的一般病理，而且还深入到许多疾病或病证的具体发病机制。关于人体疾病的一般病理，《内经》详明地论述了人体脏腑、经络、气血的各种病变形式及外在症候表现，如五脏六腑的虚实寒热、气机失调、经络气血凝滞、厥逆、十二经是动病和所生病，气血不足、气血逆乱、气滞血菀等等。关于各种疾病或病证的具体病机，《内经》深入地分析和描述了痹、厥、疟、风、伤寒、温病、两感、肾风、风水、酒风、消瘅、鼓胀、肠蕈、石瘕、血枯、肠蕈、伏梁、息积、痈疽、瘰疬、阴阳交等数十种内外科疾病和病证，这标志着中医对疾病的认识逐渐理论化和系统化。
五、阴阳五行学说在医学中的应用
春秋战国时的“阴阳”概念有两种意义，其一是指两种基本的物质之气，春秋时期人们已认识到阴阳之气的正常与否关系到天象、气候、物侯等自然现象的正常与异常。战国时期的阴阳学说还着重阐述了阴阳二气的盈虚消长、升降出入的运动变化规律及其对季节、气候和物侯的支配性作用。
“阴阳”概念的另一种意义是指相互对立的两种基本属性，或属性相反的两类事物，或一个事物中属性相反的两个方面。如雌雄、上下、左右、南北、进退、动静、生杀、强弱、明暗、寒热等等，《易传》云：“一阴一阳之谓道”（高亨《周礼注疏》卷五·544页，齐鲁书社，1979），即是对阴阳属性的表述。由于阴阳属性是相对的，故而在阴阳之中可以再分阴阳。《文子·微明》云：“阳中有阴，阴中又阳，万事尽然，不可胜明。”（《文子缵义》卷七，《二十二子》851，852页），即表述了这一思想。《左传·昭公二十五年》云：“生其六气，用其五行，气为五味，发为五色，章为五声。”（《春秋左传正义》卷五十一）。这两段话中的五味、五色、五声、五节即是按五行将味、色、声、节各分为五种以入五行之类，五行学说中的一条基本原理——五行相胜理论在春秋时也已产生。如《左传·哀公九年》云：“水胜火”（《春秋左传正义》，卷五十八）。《左传·昭公三十二年》云：“火胜金”（《春秋左传正义》卷五十三）可以为证。
战国时期五行学说有进一步的发展，首先是提出了五行之所的概念。《吕氏春秋·应同》所载邹衍“五德终始”论中提到了“土气”、“木气”、“金气”、“火气”、“水气”，这便是五行之气的概念。从邹子的“五德终始”论中可以看出，五行之气与五行归类有着密切的关系：五行之气分别支配着相应的五类事物；五行之气也有五行相胜关系；五行之气按相胜之序递胜（旺盛），由此引起自然和社会现象的变化。战国时期五行学说的另一个进展是明确了五行主时和五行方位的理论。
阴阳的概念在医学中应用较早。医和的六气病因论即有阴气和阳气。《史记·扁鹊仓公列传》所载扁鹊及虢中庶子之言中提到了“阳缓而阴急”（《史记》卷一百五，中华书局，1959）。“破阴绝阳”等语，既有表示属性的“阴阳”，也有表示物质之气的“阴阳”，表明在春秋时期阴阳的概念已用于分析人的生理和病因病理。《周礼·天官冢宰》医师章有以五味、五谷、五药养其病，以五气、五声、五色养其死生（《周礼注疏》卷五，见《十三经注疏》，666页）之语，这显然是运用五行概念来归类，以诊断疾病的指导疗养，所以五行概念应用于医学当在《周礼》成书之前。
《内经》中系统地总结了当时自然哲学的阴阳五行学说。例如《素问·阴阳离合论》云：“阴阳者，数之可十，推之可百；数之可千，推之可万；万之大，不可胜数，然其要一也。”（《黄帝内经素问》卷二）。发挥了阴阳属性的相对性及其无限可分性的思想。又如，先秦诸子著作对五行主时只论及五行所司季节和日期，而《内经》则进一步把五行主时落实到时辰，为建立和发展医学理论服务。
《内经》中的阴阳概念也包括物质之气，即阴气和阳气。基于天人相应的观念，《内经》认为人身阴阳二气与天地阴阳二气呈同步一致的消长变化，认为人身脉象的变化与四时阴阳消长相应。脉象是人体气血阴阳状况的表现。脉象应四时阴阳即意味着人身阴阳与天地四时阴阳相应。《素问·脉解篇》还根据一年中天地阴阳的消长升降规律及其变异来解释各月份人体易产主的病症，认为人身阴阳与天地阴阳的消长升降完全时应相符。阴阳二气失调，会导致疾病的产生。
《内经》中的五行概念也包括五行归类和五行之气两种意义，《素问》将人体脏腑组织器官和情志、病症等正常和异常的生命表现以及与人体有关的各种事物按五行进行了归类，其主要内容可归纳如下表（表3－2）：
五行 五时 五方 五色 五音 五味 五脏 五腑 五官 五体 五邪 五畜 五谷 五志 五声
木 春 东 青 角 酸 肝 胆 目 筋 风 鸡 麦 怒 呼
火 夏 南 赤 徵 苦 心 小肠 血 脉 热 羊 黍 喜 笑
土 长夏 中 黄 宫 甘 脾 胃 口 肉 湿 牛 稷 思 歌
金 秋 西 白 商 辛 肺 大肠 鼻 皮 燥 马 稻 忧 哭
水 冬 北 黑 羽 咸 肾 膀胱 耳阴 骨 寒 彘 豆 怒 呻
《内经》上述五行归类的理论意义在于运用五行学说来推求人体脏腑之间、脏腑与生命现象之间以及脏腑与体外事物之间的同类相区，五行相克和相生的关系，由此形成相应的生理、病因病理诊断和养生治疗理论。
《内经》的这一理论虽然失于机械，但它注意到了人体机能活动有时间节律性，这种节律与天地总体变比节律有统一性并影响到人体疾病的发生和变化，因此其思想是具有合理内容的。