一、疾病的诊断
殷商时代，人们己开始注意对疾病的诊断，从对甲骨卜辞的研究，可以看出，这一时期人们主要是应用迷信手段，祈求神灵来判断所患之疾病，但卜辞终究为人所造。如：“丁己卜，贞：亡（无）降病”。降病，即患肛肿病也；“贞：今夕其雨病”。雨病，即六淫阴阳风雨晦明中之雨淫症也。到西周时人们积累了更丰富的经验，逐渐摆脱巫的束缚。如《周礼》记载：“以五气、五声、五色胝（视）其死生；两之以九窍之变，参之以九藏之功。”这说明西周前后，在诊断疾病方面，已开始涉及到望诊、闻诊、问诊、切诊的内容。
“五气”，郑玄注为“五脏所出气也，肺气热，心气次之，肝气凉，脾气温，肾气寒”。“五声”，司马迁的解释生动而具体：“故音禾者，所以动荡血脉，通流精神而和正心也。故宫动脾而和正圣，商动肺而和正义，角动肝而和正仁，徵动心而和正礼，羽动肾而和正智。”“五色”，郑玄注：“面貌青、赤、黄、白、黑也。”“九窍”多家注为“耳、目、鼻、口及前阴、后阴。”“九藏，”多家注为“心、肝、脾、肺、肾及胃、膀胱、大肠、小肠。”对“九窍”、“九藏”的认识，殷商甲骨卜辞及《尚书·盘庚》篇，已有诸多脏器之名。西周时的“九窍”、“九藏”之说，是在殷商时期对人体解剖认识基础上的总结，并反映了西周的脏腑不分，统称“藏”（即脏）的特点。
《周礼》所载有关“四诊”内容非常实际，是完全以病人的内外症状进行综合分析的，没有丝毫的神秘味道，为以后中医诊断学的发展创造了条件。
在重视诊断疾病的基础上，已开始强调病历的书写。《周礼》“凡邦之有疾病者，岁终则稽其医事，以制其食”。“凡民之有疾病者，分而治之，死终则各书其所以而入于医师。”这些病历资料虽未保存下来，但说明病历记载在我国的历史是极其悠久的。
二、疾病的治疗
（一）药物疗法和食疗
应用动、植物、矿物治疗疾病，虽在原始人类就开始了，但进入殷商后治疗疾病的主要手段，是巫与医相混的时代。《周礼》“聚毒药以共医事”《尚书》“若药弗瞑眩，厥疾弗瘳”。说明商朝的医生已学会应用毒性较大或重剂药物治疗疾病了。殷商时期，还有两个重要的创造，一为酒应用于医药，二为汤液，即汤剂的发明。这在治疗学上是一个很大的进步。
殷周时期，食疗已具有了一定的雏形，伊尹精于烹调。传说伊尹和商汤谈话时，就讲了许多烹调问题。其中就有“阳朴之姜，招摇之佳”的话。姜桂既是肴馔中的调味品，也是发汗解表的常用药物。所以有人认为“桂枝汤”是从烹调里分出来的最古处方之一。《周礼》记载：“疾医，掌养万民之疾病，四时皆有疠疾。春时有首疾，夏时有痒疥疾，秋时有疟寒疾，冬时有咳上气疾，以五味、五谷、五药养其病。”（《周礼·天官冢宰下》）。五药即为草、木、虫、石、谷。食治、食养思想在西同时期的发展反映了对古代人民实践经验的总结和提高。
（二）外治法
据卜辞统计涉及针灸治病的有2条，按摩治病的有6条，拔牙止痛的有4条，接骨复位的有一条。足见外用法，在殷商时代已普遍应用。
按摩远在原始社会就有了，人们自我保护的使用摩擦或抚摩手法，以缓解或解除疼痛的经验积累。通过对殷商甲骨文字的研究，使我们更肯定了这一疗法历史的悠久。
针砭治病在殷商甲骨卜辞中就像一个人手持尖锐器具，治疗病人腹病疾病。殷商至西周针刺治疗，或者用的是砭石，隋代医家全元起认为：“砭石者，是古外治之法，……，古来未能铸铁，故用石为针，故命之针石。”近年出土的殷周随葬品中，有一种柄部雕作动物形态的玉制弯锥器，器形精美，据有关专家认为当是奴隶主专用的砭石针。如殷墟出土的原名“玉虎”，全长6厘米，虎作匍伏状，嘴下有穿孔，尾为锥体，锥角约40°。殷墟西区出土的一件原名“玉鱼”，近鱼口处穿孔，鱼身有鳍纹，鱼尾之外附加一鸟嘴形弯锥，锥角约45°等等。这些随葬品形小巧，针身细长而锋利，不可能是兵器、饰物或生产工具，当是为奴隶主制作的精美医疗工具——针石。
考古工作者1985年10月在广西武鸣县马义乡一处西周墓葬群中发掘出土青铜针两枚。据鉴定，确认为西周时期的针灸针。“灸?x”疗法，在殷商时已普遍应用，甲骨文的“?x”字，手所持的草束火炷虽不能肯定其为艾草，但无疑是用以治病的草炷。实际上，古人发明“灸?x”治病，起初只取其温热以驱寒，并不限于什么特定的草。《说文》：“?x，烧也”；《一切经义》:“?x，古文热”；《通俗文》：“燃火曰?x，?x亦烧也”。至西周，灸?x可能已选用艾草，因为《诗经》已记有“采彼艾兮”，（《诗经·土风·采葛》）。毛注：“艾所以疗疾”。
疡医，即外科医生，他们治疗的疾病范围广泛，既有疮疡、痈肿，还有故伤与跌打损伤。“金疡”即指刀刃的创伤，它除包括战争、其它斗殴所致之创伤外，也包括刑罚所受之伤。
从《周礼》记载还可以看出西周前后对疮疡痛肿、跌仆、刀伤在治疗方面已积累了较丰富的经验，既有“内治”也有“外治”，既有药治，也有食养。唐·贾公彦疏：“凡有疡者，受其药焉”。又说：“凡国中有疡，不须身来者，并于疡医取药焉”。“祝”，是“以药敷其伤处也”。“刮”是刮去脓血，相当现代的清疮；“杀”是以药物消除伤口坏死组织，所谓“以五毒攻之”，我国外科用汞砷之化学制剂即源于此。