全书共十四卷，卷首为制方总义及《内经》一十二方；第一至第十二卷每卷又各分上下，各为一门，共设治气、理血、补养、涩固、表散、涌吐、攻下、消导、和解、表里、祛风、祛寒、消暑、燥湿、润燥、泻火、除痰、杀虫、经带、胎产、婴孩、痈疡、眼目、救急二十四门。每门开篇有总论，后列诸方，每方先记主治病证，并分析每种症状产生的机理；继出组方用药、剂量与服用法；再论配伍原理，即方论（方义），及用方禁忌等；最后有方剂加减变通运用方法。全书共收正方656首（含《内经》12方），附方与类方共（有方名者）446首，涉及异名31个。合计收方1102首。卷末为“勿药元诠”，介绍历代调神、调息等非药物养生保健法。