《医宗己任编》分八卷，卷一至卷三为“四明心法”，概述高氏诊法、脉义、方论、药论，类述各类各种症候的辨治方法，皆出自高氏临床经验，多独到之见。卷四为“四明医案”，为高氏所治28则疑难症的临床记录，皆有独到见解。卷五“东庄医案”为吕用晦临床治验笔记，吕氏明于理而善变通，与高氏治验，可相互发明。卷六至卷八为“西塘感证”，将有关时邪、外感的诸种症候，分为本病、变病、兼病三篇，条分缕析，详述其辨证处方的运用原则。